El Colegio fue fundado en 1855 por las religiosas de la Congregación de los Sagrados Corazones, creada en Francia el año 1795, por la Condesa Enriqueta Aymer de la Chevalier, con el propósito de consagrarse a la educación de los huérfanos que dejó la Revolución Francesa.
La primera comunidad religiosa de la Congregación francesa llegó a Chile el 1º de septiembre de 1837, estableciéndose en La Serena a partir de 1855 a petición del Obispo de entonces, Don Justo Donoso.
Para tal efecto, la Ilustre Municipalidad de La Serena cedió el edificio del hospicio que funcionaba en la esquina de las actuales calles Castro y Alfalfares.
Algunos años después, la Congregación de los Sagrados Corazones se trasladó a la Calle Vicuña, donde funciona actualmente el Colegio y en 1889 se terminó de construir su hermosa capilla. Setenta y cuatro años después, en el verano de 1929, se propagó por los hogares serenenses la inesperada noticia de que las religiosas de los Sagrados Corazones debían trasladarse a Valparaíso, por lo que el Colegio debía cerrarse.
